Ранее Девятый арбитражный апелляционный трибунал взыскал с РЭУ 1,79 млрд рублей основного долга и 148,5 миллиона рублей процентов за использование чужими валютными средствами. Компания ссылалась в суде на ненадлежащее выполнение РЭУ обязанностей по оплате водянистого горючего, приобретенного в согласовании с критериями ряда заключенных сторонами договоров поставки и на основании товарных накладных.
Официальный дилер СК РФ Владимир Маркин в феврале сказал журналистам, что неустановленные сотрудники РЭУ подозреваются в нанесении государству вреда на 148 миллионов рублей. Как считают следователи, на основании госконтрактов с министерством РЭУ стало поставщиком тепла на военных объектах воинских частей и организаций, расположенных по всей стране. Для этого компания подписала с компанией «Транснефтепродукт» договоры на поставку горючего.
С марта 2012 года, по данным следствия, организация закончила перечислять средства за поставленные нефтепродукты, и в апреле 2012 года Минобороны перечислило РЭУ средства для погашения долга перед нефтяниками, но на счета они так не поступили. Когда долг превысил 3,3 млрд рублей, компания «Транснефтепродукт» обратилась в арбитраж Москвы. Возбуждено дело по статье «Злоупотребление полномочиями», которая подразумевает до 4 лет колонии.
РЭУ определено единственным поставщиком тепловой энергии для нужд министерства обороны РФ и подведомственных ему организаций в согласовании с распоряжением правительства РФ от 15 апреля 2011 года